Виза, действительно, похоже, от работодателя сильно зависит, потому что я вот с задержкой всегда платила страховку + перерабатывала на байто (часов 30 могло в неделю выходить), но дали на 5 лет, потому что работодатель компания стабильная и белая очень (наверное) (но лучше платите страховку вовремя и не перерабатывайте, чтоб не сидеть на измене месяц, как я)

Вот вот. При прочих равный с одной компанией мне на 3 года дали, а с другой на 5.

Если бы в иммиграционке узнали бы о постоянных превышениях байто, то там и на год не дали бы

иммиграшка не знает про переработки

Возможно! Но может сыграло роль то, что на байто зарплата минималка по Токио, и даже с превышением суммы были не подозрительные.
Или я не в курсе, как у нас на байто переработки считают, и может то, что я по 打刻 приходила раньше назначенного времени не учитывалось, и оплату считали с официального времени начала работы (например, работа официально начинается в 11:45, я прихожу в 11:20)