Лучше действительно спросить в консульстве. Возможно, им достаточно будет если вы отдельно приложите к визовой анкете распечатки брони билетов Россия-Монголия и Монголия-Япония и обратно.
Ответ скорее всего про то, что если долгая стыковка в Монголии, то потребуется монгольская транзитная виза (и пересдавать ПЦР-тесты в Монголии). Японскому консульству это (скорее всего) не интересно.