и то что ты обязан сделать в течение первых двух недель в стране

Ещё момент: у non-permanent resident налогом облагается только та часть его зарубежного дохода, которую он переводит в Японию, правильно?
Если, к примеру, оплата моего второго года обучения будет производиться с моего зарубежного (по отношению к Японии) счёта, то будет ли сумма оплаты облагаться налогом для меня?

если это доход заработанный до переезда в японию, то нет

А как на практике происходит различение такого дохода с точки зрения налоговой? И насколько хорошо налажен обмен информацией между налоговыми РФ и Японии?

1. никак. если налоговая не поверит и решит провести аудит, то ты должен мочь это доказать каким-то документами
2. насколько я знаю не налажен. т.е. позапросу что-то мб и могут узнать, но автоматически никакого обмена не похоже что производится. не знаю ни одного случая, чтобы рф узнала что-то о счете в японии или наоборот

Типа приехал некий гражданин в языковую школу, комнату снимает, на байто не устраивается - подозрительно?

ну я логику их принятия решений не знаю