Если люди живут по законам и традициям страны и общества, в которое приехали- ко всем относятся нормально. Исповедовать свою религию, отличную от распространеного в Японии синтоизма, не запрещено. Но тут вообще не принято выпячивать и както массово обозначать свою религиозность, любую. Мечети по стране есть, молельные комнаты есть в аэропортах и многих тц. Для уточнения всей другой информации вам лучше общаться с общиной, это можно на сайтах мечетей сделать, уточнить. А тут чат скорее туристический.