у посольства\консульств Японии нет аффилированных визовых центров, документы принимают дип. представительства. подать документы через посредника можно, по доверенности.
если Вы резидент Кореи, можно подаваться в Корее. если нет, то по правилам "на момент подачи документов на визу по доверенности заявитель должен находиться на территории Российской Федерации". бывают случаи просят доказать, что находитесь в России.
доверенность пишется в свободной форме, заверять не нужно