Сейчас даже на посольском сайте Японии есть пометка о том, что подающий документы через доверенное лицо должен находиться на территории РФ. Не знаю чем обусловлено. Осталось только запасаться вторыми паспортами. Или из стран типа Беларуси, Казахстана, Армении паспорт пересылать.