Приходите, пишете заявление. Проживаю там-то, денег на руках осталось столько-то, выехать из Японии не могу по такой-то причине. Они его сразу на месте рассматривают, беседуют с вами (если необходимо) и если всё ок, то делают новую наклейку в паспорте (+30 дней или +90 дней, например).