Обычно да, короме некоторые шинкансенов и ряда мелких исключений. В любом хорошем сервисе для построения маршрутов есть галочка "приоритизировать маршруты с JR pass"
Я не спроста сказал "хорошем сервисе". В гугл картах для деревенской местности например нет маршрутов (ух этот автобус в горах за 1800 йен :)) Я пользовался платной версий Japan Transit Planner (от Jorudan), и, насколько помню, у него есть галка по JR Pass (я не покупал JR Pass, поэтому не скажу точно).