JR pass вас "привяжет" к поездам JR, и некоторым их шинкансенам) На NEXe можно по JR-у уехать, но никто ж не заставляет вас покупать этот пасс) если знаете куда будете ездить, то вбейте маршруты в JR-калькулятор - получите ответ стоит его брать или нет)