в синкансенах есть вагоны non reserved (садись на свободное) и reserved (места согласно билету). для проезда в non reserved никаких доп билетов не нужно, сам jr pass это билет.
в плане загруженности, зависит от времени. лучше дождаться экспертов, но по моим ощущениям и опыту. на сакуру, момидзи, по праздникам, на месте билетов в reserved вагоны скорее всего уже не будет. в non reserved есть риск какое-то время ехать стоя.
если есть возможность, рекомендую резервировать. тем более что в этом никакой сложности нет, на многих jr станциях стоят автоматы (даже там где шинкансены не ездят), а брать билет можно аж на месяц вперед