По справке всё просто. Многие школы не берут учеников с нулевым знанием японского и эта справка(и курсы) нужна для школы, а не для миграционной службы.
Ну почему многие? У многих школ есть группы для начинающих. И никаких справок они не просят. Поступающие через посредника вообще не в курсе что именно просит школа, раз сказали посредники, что надо справку, значит, надо.