Выделить только 3 дня на Киото, конечно, было ошибкой…

А сколько лучше всего выделить?

Чуть побольше :”D

Я 7 дней провела в Токио
Сейчас идёт второй день в Киото
И я чувствую, что выделенного времени катастрофически не хватает

Зависит от личной скорости. Мне 3 дней в Киото тоже не хватило, зато в Осаке хватило бы и дня, а у нас там 5 ночей было, хорошо хоть просто ночевали и везде ездили оттуда

Хз я за 2 дня все облазил

И фушими инари? И арашияму? И гион? И все, что на тропе философов?

Я поделил на зоны, все рассчитал и впритык хватило на 3 полных дня неспешного посещения. Но это с раннего утра до позднего вечера. Причем с утра и вечером открытые 24/7 улочки и парки. Для спокойного режима, я бы для первого посещения заложил 4-5 дней.

Или 3 дня, но с учетом открытия/закрытия всех достопримечательностей и рассчитать примерное время, за которое можно добраться до дальних достопримечательностей.
Только нужно учесть, что в автобусы могут быть очереди, а метро далеко. Иногда быстрее дойти за 40 минут, чем проехать 20.