Свяжитесь с банком. Причин может быть много.
Плохие:
1. Внутренний курс на одном из этапов например виза может сделать конвертацию JPY-USD по нормальному курсу. А дальше он (банк) может мотать этот USD по странным маршрутам например перевести в EUR, а потом в местную валюту (и даже больше этапов может быть). Тут может быть уже их собственный курс.
2. Процент. При конвертации с помощью Visa/MC банк может наложить % на конвертацию.
Может быть 1 и 2 одновременно.
3. Предположу, что может быть некоторый лимит.
Но 1-2 не справедливо если при покупке в обычном магазине с оплатой валютой отличной от валюты карты курс нормальный.
Хороший вариант: средства блокируются и будет доконвертация позднее (деньги вернут, точнее разблокируют). Такое часто бывает, но про нее мало что могу сказать, обычно на 2-3 дня могут быть заблокированы, но у меня и дольше было. Но это про какие то копейки обычно - пара центов на доллар (если учесть что у меня была конвертация от Visa).