Вообще обычно сразу им надо сообщать пункт въезда на платную дорогу, они делают оплату с указанного вами места, затем в течение 15 дней надо через электронную почту с ними связаться и объяснить ситуацию, они проверят по камерам, если всё так, как вы сообщаете, то ничего доплачивать вас не заставят, иначе - пришлют счет на полную стоимость.
В вашем случае рекомендую всё-таки с ними по почте попытаться связаться