Самолёт в Хельсинки/Таллинн/Рига (посмотрите куда есть рейсы из Берлина), далее автобус (Lux Express, Ecolines или др.) до Санкт-Петербурга, далее поездом/автобусом до Москвы. Или самолёт в Вильнюс, далее автобус до Москвы. Летом эти маршруты работали, как сейчас точно не знаю.