Въезд по визе D, это уже начало отсчёта "проживания"? Или после получения ВНЖ начинается отсчёт срока?

Да, с момента въезда по визе D-1 год

Виза Д уже проживание. Т.е. в первый год визы Д нужно подать документы на замену

Здравствуйте, подскажите пожалуйста с какими странами заключен двухсторонний договор, по которому можно обменять права в первый год ?

Между Францией и Россией заключён. Остальных не знаю

А как это работают?

Смотря какая виза D или карточка внж, не любая и каждая подходит под условия.
Права не меняют студенты, сезонные рабочие, сотрудники на миссиях, vacances-travail и др.

Список таких стран доступен, можете посмотреть Liste des États et autorités dont les permis de conduire nationaux sont
susceptibles de faire l’objet d’un échange contre un permis de conduire
français, en vertu d’accords bilatéraux et de pratiques réciproques
d’échange des permis de conduire.

Из постсоветского пространства там только Россия.