если уже прожил какоето время по визе С и в этоже полугодние въезжаю по визе Д, могут оштрафоватьпо визе С, если проведу больше 90 дней за данное полугодие?

При получении визы D ваша виза C теряет смысл

главное чтобы на граница по визе С не пропустили, можно нарваться на штраф если по ней больше 90 дней пробуду, не так ли?

У вас сейчас виза С, вы хотите пробыть больше 90 дней; а потом вернуться, получить D и опять уехать?
Даже если вас не оштрафуют, то вы себе репутацию подпортите.

не свосем так, пробуду 47 дней по визе С, приеду в москву, сделаю визу Д и вернуть почти сразу, и получится что за пол года по визе С буду больше 90 дней, вот и интересовало нужно ли учитывать дни по визе С, но как я понял, если въезжаешь по визе Д, то уже нет

Вы все правильно поняли, наличие визы D - определяющее, никто дни считать не будет.
Только проследите, чтобы у вас штамп въезда именно на визе D был, иногда не очень радивые сотрудники ляпают куда придётся, если виза С в действующих сроках, и первая попадётся, то могут ее штампануть. Вам же нужно въезд по D зафиксировать.

точно, это самое важное, думаю стоит дать паспорт уже с открытой страницей с визой Д и проблем не должно быть