Именно потому что при выезде из зоны Шенгена проверяют паспорт и визу. В данном случае неевропеец проживает во Франции, без внутренних документов, так как Франция считает, что они не нужны несовершеннолетним, и если бы был прямой выезд из Франции, то dcem вполне возможно, что и не спросили бы, но Эстония перестраховывается, особенно что вот и прецедентик им создали.