Внутри шенгена нет ограничений, если только именно указанная вами авиакомпания не перевозит пассажиров с российскими паспортами - не слежу за Lot, не одни Lot летают
Выехать из Шенгена в Россию наземным путем из Гданьска вы можете по тур.визе (вас не будут держать поляки). Как лететь через Калининград в Россию могу рассказать подробнее, тк сама оттуда. Где остановиться на ночь могу дать контакты (у меня есть кВ, в которой я жила - сейчас сдается посуточно. Это город Зеленоградск на берегу Балтийского моря: море, кафе, магазины - все есть). Захотите задержатся на пару дней - можно организовать экскурсию в заповедник Куршская коса. Если кому-то нужен надежный и ответственный водителя трансфера из Польши, Литвы, Германии в Россию могу рекомендовать нашего водителя. Проверен! Пишите в л/с, если подробнее.