Я конечно не знаю, возможно при полетах в Эстонию люфтганза специально проверяет документы, но Франция-Германия и Германия-Франция вообще никакого контроля, кроме посадочного. Правда это без сдачи багажа (но его тоже можно на каких-то автоматических стойках сдать). По моему посадочному мог улететь кто угодно :)
Мой опыт ницца -Франкфурт, ницца-Мюнхен, Марсель -Мюнхен (и соответственно обратно). Ни паспорт, ни внж ни разу не просили, ни во Франции, ни в Германии. Только посадочный