Это 90% отказ, а так префектурам не нужно общаться. Просто подаёте уже в Лионе, на продление студенческого ВНЖ

Отказ по какой причине?

не особенно

Потому что Вам дали визу под учебу. Если Вы ее закончили, нужно или возвращаться, или искать работу по новой специальности, или продолжать учебу дальше на уровне выше. У меня были знакомые (трое) в подобной ситуации, все получили предписание покинуть французскую территорию в течение такого-то количества дней, продление под другую учебу, которая не было бы следующим уровнем относительно предыдущей, в том числе языковую, им не дали