Апостиль на печать нотариуса неважно где (на нотариальной копии, на согласии, на доверенности) ставит МинЮст региона, где ведет деятельность этот нотариус.
То есть на печать нотариуса Москвы - МинЮст Москвы, на печать нотариуса Новосибирска - МинЮст Новосибирска.