И как вообще выяснить что ты пересек границу нелегально? Вот поймали тебя на улице?
У тебя нет паспорта, почему нет данных в системе о пересечении границы, да хз.

Приходишь в суд, чтобы получить гражданство, суд делает запрос в мигоационку - оказывается, что там никакой записи о въезде в страну)

Так это проблема миграционки). Что они не записали. А по закону теперь можно и без резиденции подаваться после 2х лет. Вероятно какого то судью озаботит ваш вариант, надо будет обьяснять.

Я думаю, уже при самом запросе миграционка увидит, что вы въехали нелегально, и начнёт разбирательство

Это все догадки. Но то что миграционная политика очень лояльна это факт.

Не догадки, на судебные запросы они реагируют чётко и подробно, в том числе отмечают, находится ли человек на данный момент в стране или нет.
Теперь выдержка из закона:
Serán causas impedientes del ingreso y permanencia de extranjeros al Territorio Nacional:

i) Intentar ingresar o haber ingresado al Territorio Nacional eludiendo el control migratorio o por lugar o en horario no habilitados al efecto;

Я не говорю что такому человеку будет просто, но думаю у него все равно есть шансы. Конечно если он не бандит какой то.