Сняться с учета регистрационного можно, я не проживаю в РФ с 2017 года, заявление принимает консульство, точнее заверяет ваше заявление и подпись и направляет его по дип почте в МВД. Буквально в ноябре проходил сию процедуру.
Через консульство сняться с военкомата не получится, но, возможно, вы сможете это сделать через представителя по ген доверенности. Это уже уточняйте в военкомате и у юристов
Так они же должны в военный билет отметку проставить Заказным письмом можно уведомлять только в случаях, предусмотренных законом/регламентом. В случае военкомата такого нет, к сожалению